Bydd adran Mwynau a Gwastraff y CDLl yn cynnwys cyfraniadau gan Dîm Cynllunio Mwynau a Chynllunio Gwastraff Gogledd Cymru, sy'n darparu gwasanaeth cynllunio ar y cyd ar draws Gogledd Cymru ar gyfer ceisiadau a materion polisi cynllunio, gan gynnwys CDLlau. Mae’r adran yn ymwneud yn bennaf â gwarchod adnoddau mwynol (h.y. chwareli) a darnau o dir sy'n cynnwys dyddodion mwynau penodol. Mae hefyd yn ceisio gosod/darparu polisi yn seiliedig ar feini prawf ar leoliadau ar gyfer datblygiadau rheoli gwastraff fel gorsafoedd trosglwyddo, canolfannau ailgylchu a safleoedd treulio anaerobig.